Kabupaten Kepulauan Yapen yaitu salah satu kabupaten di provinsi Papua, Indonesia. Ibukota kabupaten ini terletak di Serui. Secara astronomi terletak pada Koordinat: 134°46" - 137°21,964"BT dan 1°27'47,714" - 1°58'36,376" LS. Kabupaten ini lampau berjulukan Kabupaten Yapen Waropen, yang dibuat menurut Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1969 wacana Pembentukan Provinsi Otonom Irian Barat dan Kabupaten-kabupaten Otonom di Provinsi Irian Barat.
Peta Kabupaten Kepulauan Yapen
Dalam perkembangannya terdapat aspirasi masyarakat Kabupaten Yapen Waropen yang menginginkan adanya perubahan nama dari kabupaten tersebut menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen. Keinginan perubahan nama menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen dilatarbelakangi oleh sudah dibentuknya Kabupaten Otonom Waropen sebagai pemekaran dari Kabupaten Yapen Waropen menurut Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2002, sehingga semoga tidak terjadi duplikasi nama perlu ditinjau adanya perubahan nama Kabupaten Yapen Waropen menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen, selain itu secara geografis tempat ini ialah wilayah yang terdiri dari formasi pulau.
Akhirnya menurut Peraturan Pemerintah Nomor 40 Tahun 2008, nama Kabupaten Yapen Waropen diubah namanya menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen. Luas wilayah Kabupaten Kepulauan Yapen 18.746 km² dengan jumlah penduduk 82.951 jiwa (2011).
Moto: ACIS; Aman, Ceria, Indah dan Sehat